Na oltáři byla umístěna
socha klečící sv. Maří Magdalény a ve výklencích sochy svatých poustevníků - sv. Pavla, sv. Antonína, sv. Ivana a sv. Prokopa, všechny z dílny význačného
pražského řezbáře Jiřího Bendla. Podlaha byla dlážděna oblými kameny, tzv. kačery z nedaleké řeky Berounky.
Pro kostelík dal jeho zakladatel zhotovit i
mešní náčiní – skvostnou monstranci osázenou drahokamy, kalich a zlacenou paténu, pacifikál, ciborium, šest svícnů a kadidelnici. Kvůli bezpečnosti byl tento poklad uložen na
mníšeckém zámku a pouze v den svátku sv. Magdalény, v době konání bohoslužby na Skalce, byl ve slavném průvodě nesen na Skalku.
Tradice poutí na Skalce skončila rokem 1953. Poté začal kostelík chátrat. Bendlovy sochy byly přemístěny do mníšeckého kostela sv. Václava, kde jsou dodnes, další výzdoba interiéru propadla zkáze.
V roce 1993 byl kostelík opět
zrekonstruován. Červencové mše pod širým nebem se od té doby konají v areálu každoročně a jsou vždy spojeny s kulturními akcemi – výstavami a koncerty v kostelíku a klášteře.