Dominikánský klášter začal být budován zároveň se založením města, někdy kolem roku 1275. Během husitských válek byl klášter v roce 1424 vydrancován a zničen husity a mniši byli vyhnáni z města. Kostel však zůstal částečně zachován, ale na místě zbořeného konventu vznikly patrně 4 nové měšťanské domy.
Pusté klášteřiště se teprve v roce 1667 dostalo zpět k dominikánům a ještě téhož roku byl položen základní kámen nového konventu, situovaného jižně od gotického kostela. Stavba byla zčásti dokončena v roce 1674 a byla zde ustavena dominikánská komunita s charakterem hospice. V roce 1694 byl hospic povýšen na převorství a žilo zde 12 řeholníků. Roku 1771 byl kostel, vč. nynější kaple, barokně upravován a jeho gotický vzhled byl značně změněn. Byla snížena nejen klenba, ale i okna, která zároveň dostala jiný tvar. Všechny tyto stavební úpravy jsou na kapli dodnes jasně patrné, zejména v půdním prostoru. Tam se zachovaly fragmenty gotických kleneb, značně vyšších než klenby barokní. Půdní prostor a jedno dochované původní okno kaple je přístupné pouze přes budovu dnešní školy.
V roce 1785, v rámci rozsáhlých reforem císaře Josefa II., byla nymburská klášterní komunita zrušena. Část konventních budov, propadlých Náboženskému fondu, odkoupilo roku 1819 město a zřídilo zde farní školu. Po dalších drobných úpravách pro školní účely došlo v následujících letech ve dvou etapách k velké přestavbě někdejšího dominikánského areálu. V první fázi bylo roku 1882 nově vybudováno východní křídlo chlapecké školy a ve druhé fázi, probíhající v letech 1889-91, ještě jižní křídlo dívčí školy. Tím byla slavná i neslavná historie kláštera dominikánů zcela zakončena. Také dnes v nově opravené budově sídlí základní škola a její věžní hodiny znovu odbíjejí čas jako v dobách klášterního života.
Město Nymburk kapli postupně opravuje. V roce 2022 se na oltář vrátil původní obraz od Josefa Vojtěcha Hellicha sv. Jan Nepomucký Almužník z roku 1860.