Uvnitř kaple se nachází drobný oltářík s točenými sloupky, přikrytý ubrusem s výšivkou prosby ke svatému Janu Nepomuckému, který je dnes považován za patrona kaple. V minulosti se zde konaly mše svaté dvakrát do roka – na svátek sv. Linharta, patrona dobytka, a sv. Floriána, ochránce hasičů. Tyto tradice dodávaly místnímu životu slavnostní ráz a posilovaly komunitní soudržnost.

Dnes se v kapli každoročně slouží mše na svátek sv. Jana Nepomuckého a jednou za dva roky také na svátek sv. Bartoloměje, kdy Hrdějovice slaví období po žních. Obec Hrdějovice leží na trase cyklostezky č. 122 z Českých Budějovic do Chlumu u Třeboně, takže kaple je oblíbeným zastavením cyklistů i poutníků, kteří zde mohou načerpat klid a obdivovat historické kouzlo tohoto místa.