Javoříčské jeskyně jsou jedním z největších zimovišť netopýrů a vrápenců v ČR. Dosud zde bylo zjištěno 14 druhů letounů. Tradičními a nejpočetnějšími spáči jsou zde vrápenci malí. U nás se jedná o typický synantropní (člověka doprovázející) druh. Jeho letní kolonie sídlí obvykle na půdách velkých budov a jeskyně využívá pouze při zimování. Pro vrápence jsou typické výrůstky na nose, od ostatních netopýrů se však odlišují i dalšími zvláštnostmi – v době zimování například visí obvykle jednotlivě, zabaleni do svých létacích blan. To kvitují s povděkem chiropterologové, kterým se pak tyto „hruštičky“ sčítají snadněji, nežli druhy spící ve shlucích či schované v puklinách.
První záznamy o zdejších letounech pocházejí z poloviny 19. století od známého přírodovědce a badatele Friedricha Antona Kolenatiho. Počínaje rokem 1990 je tato lokalita odborníky sledována pravidelně. V současnosti tu chladné období roku tráví zhruba 5500 vrápenců malých, což je téměř třicetinásobek (!) počtů zaznamenaných v počátcích sledování. Z dalších druhů, které zde pravidelně zimují, jmenujme alespoň ty nejběžnější: netopýr brvitý, velký, vousatý, vodní, Brandtův a řasnatý. Někteří netopýři se zde vyskytují také v období podzimního rojení (swarmingu). Podrobnější výčet lze nalézt například v tomto článku. Za zmínku stojí i další druh vrápence – vrápenec velký, který zde byl opakovaně pozorován (1963, 2006 a 2007). V roce 2006 se jednalo o první zdokumentovaný nález tohoto, v ČR velmi vzácného, druhu během letního období.
Javoříčské jeskyně na Olomoucku v roce 2025 potvrdily titul největšího známého zimoviště netopýrů a vrápenců na území České republiky. Při pravidelném sčítání v celém rozsáhlém systému Javoříčských jeskyní v lednu 2025 celkem 15 sčitatelů z řad ochránců přírody a jeskyňářů zastihlo a zaevidovalo 6447 kusů zimujících letounů sedmi druhů. Nejpočetnějším byl vrápenec malý s počtem 6158 kusů, dále netopýr brvitý (208 ks), netopýr velký (46), netopýr vodní, netopýr řasnatý, netopýr Brandtův, netopýr vousatý a netopýr ušatý.
Tito tajemní letouni se bezproblémově orientují v temných dutinách díky tzv. echolokaci. Ne všichni ale spí celou zimu. Občas se i proletí podívat se ven, jak prokázaly záznamy ze zařízení ve vstupních dveřích monitorující počty vletů. Instalovali ho tam odborníci z Ústavu biologie obratlovců Akademie věd ČR, Agentury ochrany přírody a krajiny ČR a České společnosti pro ochranu netopýrů (ČESON)-Náš soused netopýr.
Odborníci život letounů v podzemí pod národní přírodní rezervací Špraněk systematicky monitorují od roku 1989. První zmínka o netopýrech v této lokalitě pochází od pražského zoologa – entomologa a zakladatele chiropterologie Friedricha A. Kolenatiho z roku 1856. Popisuje, že mu netopýry z „vápencové jeskyně u Bouzova“ 16. ledna dodal lesní geometr Schrodt.
Podzemní systém Javoříčských jeskyní vytváří komplikovaný komplex chodeb, dómů a propastí. Byly vytvořeny v ostrůvku devonských vápenců a na jejich vývoji se podílel potok Špraněk, který dal jméno i národní přírodní rezervaci nad jeskyněmi. Podstatná část jeskyní byla objevena již v roce 1938 a zpřístupněna veřejnosti v roce 1953. Jeskyně jsou proslulé bohatou a pestrou krápníkovou výzdobou.
S okřídlenými obyvateli jeskyní je možné se blíže seznámit prostřednictvím naučných panelů u správní budovy, díky výkladu průvodců a také s pomocí hravých pracovních listů Netopýři v podzemí. Každoročně se v Javoříčských jeskyních konají speciální akce vedené odborníky – jarní „Probouzení netopýrů“ a podzimní „Uspávání netopýrů“.