Zdejší podzemí je veřejnosti přístupné jen od jara do podzimu, neboť v chladném období roku v něm zimují chránění savci z řádu letounů. Odborníci – chiropterologové tyto pozoruhodné a zákonem chráněné živočichy pravidelně sčítají v několika štolách. Nejdéle, a to již od roku 2002, probíhá monitoring ve štole B (původní štola Johann). Dosud bylo ve Flascharově dolu zaznamenáno osm druhů. Nejpočetnější mezi zimními spáči tu bývají netopýr velký, n. brvitý a vrápenec malý. Pravidelně je v menších počtech zastižen netopýr vousatý. K méně častým návštěvníkům podzemí patří netopýr severní, který je u nás druhem horských oblastí, netopýr vodní či typicky lesní druhy – netopýr černý s tlamkou připomínající buldočka a netopýr ušatý, který si během hibernace své dlouhé uši skládá pod křídla.

O tajuplných obyvatelích Flascharova dolu se návštěvníci mohou více dozvědět z výkladu průvodců doplněného audioukázkou netopýřích hlasů. V návštěvnickém zázemí jsou k dispozici hravé pracovní listy Netopýři v podzemí. Informacím o netopýrech je rovněž věnován prostor na několika panelech naučné stezky „K Flascharovu dolu“.

Za výbornou spolupráci při zpřístupňování tohoto důlního díla s ohledem na ohrožené letouny bylo městu Odry uděleno ocenění – plaketa „Náš soused je netopýr“.