Počátky prostějovského muzejnictví jsou spojeny s činností místního spolku Průmyslové jednoty, založené v roce 1883. Jejím cílem bylo kromě oživení řemesel a živností také shromažďování předmětů pro první prostějovské muzeum, které bylo oficiálně otevřeno 14. srpna 1887. Koncem 60. a v 70. letech převzaly muzeum a archiv sbírky Krajinského muzea v Plumlově. V roce 1976 přešla do správy muzea sbírka obrazů Umělecké galerie města Prostějova, která existovala v zadním traktu nové prostějovské radnice v letech 1939–1941. V roce 1994 získalo muzeum dvě budovy bývalého židovské ghetta v ulici Uprkova a Hradební.

Dnes v tzv. Galerii Špalíček (na ulici Uprkova 18) naleznete krátkodobé výstav a kavárnu. Zároveň zde ale probíhají také workshopy a další akce pro veřejnost.

V současnosti pod správu Muzea a galerie v Prostějově patří také Hvězdárna (Kolářovy sady 3348), která je díky programům a kroužkům oblíbená především mezi dětmi, pořádá ale také přednášky a akce pro dospělé návštěvníky.

Také Červený domek Petra bezruče v Kostelci na Hané patří mezi nemovitosti spravované MGP. Byl posledním básníkovým bydlištěm. V budově je umístěna expozice s názvem Básník slezského lidu Petr Bezruč (1867–1958).

V muzeu můžete nahlédnout do několika expozic:

Expozice Historie / V bezpečí pevných zdí – jistota, právo, bohatství

Prostějovsko za časů poddanství od poloviny 14. do poloviny 19. století První část expozice chronologicky vymezují vládnoucí rody − páni z Kravař, Pernštejna a Lichtenštejna. Další celky tvoří Třicetiletá válka na Prostějovsku, Krutý a strašný oheň prostějovský 1697, model Prostějov v hradbách inspirovaný vedutou města a okolí z roku 1728 a Klášter, kostel, nemocnice a lékárna milosrdných bratří. Úsek Baroko, rokoko a biedermeier ze sbírek Muzea Prostějovska představuje kvalitativně i kvantitativně nejzajímavější část muzejních sbírek − obrazy a miniatury, plastiky, zbraně, sklo, cín, porcelán, šperky a ozdoby. V prostorách původní kanceláře městského písaře se prezentují památky na právo a správu, patroni a „ochránci.“

Expozice Geologie / Kámen mluví

Geologické lokality Prostějovska nabízejí jedinečnou možnost projít se časem a prostorem od dob před více než 500 miliony let až po současnost. Expozice „Kámen mluví – geologie Prostějovska“ představuje nejzajímavější místa na geologické mapě našeho regionu. Z muzejní geologické sbírky byly vybrány nejcennější kolekce hornin, nerostů a zkamenělin, často z dnes již zaniklých lomů, pískoven a cihelen. Kontinuitu geologických výzkumů Prostějovska dokumentují také nálezy z nově objevených lokalit.

Expozice Národopis / Hanácká světnice

Expozice národopisu ukazuje návštěvníkům interiér obydlí na hanáckém venkově v polovině 19. století. Představuje hanáckou světnici, která byla základní obytnou místností lidového domu na Hané a sloužila jako kuchyně, jídelna, obývací místnost a ložnice pro početnou hospodářovu rodinu. Kromě sbírkových předmětů Muzea a galerie v Prostějově vystavujeme i nábytek zapůjčený z Vlastivědného muzea Olomouc.

Archeologická expozice Za tajemstvím střepu – pravěké dějiny Prostějovska, která byla otevřena v únoru 2013, představuje pravěké lokality na celém území Prostějovska od paleolitu až po dobu hradištní. Důraz je kladen především na zajímavé regionální fenomény.