Klášter byl učen pro mnichy benediktiny východního obřadu povolané z Dalmacie a Chorvatska, kteří používali jako liturgický jazyk staroslověnštinu. Klášter se stal střediskem vzdělanosti a umění. Mezi studenty cyrilometodějského jazyka patřili i Jan Hus, Jeroným Pražský a další.
Vznikla zde řada iluminovaných literárních skvostů, mimo jiné i tzv. Remešský evangeliář, který se přes Cařihrad, kam jej zaneslo husitské poselství, dostal až do korunovačního pokladu francouzských králů. Klášter byl postaven v blízkosti starého farního podskalského kostelíka sv. Kosmy a Damiána, vystavěného prý sv. Václavem. V den, kdy byl klášter vysvěcen se četlo evangelium o setkání Krista s učedníky v Emauzích, proto se objekt nazýval též Emauzy. Stavba stála stejné množství peněz jako Karlův most, avšak stavitel objektu není znám.
Po Bílé hoře sem Ferdinand III. pozval španělské benediktiny, za jejichž působení došlo k důkladné barokizaci kláštera i chrámu. Po roce 1880, v tzv. beuronském období, byl klášter s kostelem obnoven a přestavěn pro potřeby benediktinů původem z jihoněmeckého Beuronu. Nahradili většinu barokních prvků pseudogotickým slohem, dnes zvaného beuronský. Jejich hudbymilovný opat založil zvláštní tzv. beuronskou malířskou školu a z kláštera učinil středisko církevního zpěvu podle gregoriánského chorálu.
14. února 1945 byl při americkém náletu na Prahu zničen kostel. Po r. 1947 byly restaurovány poškozené gotické fresky v ambitu. V následujících letech byl postaven nový železobetonový krov. Rekonstrukční práce svěřeny prof. ČVUT Oldřichu Štefanovi. 1964 byla vypsána neanonymní soutěž pro architektonické řešení střechy a věží zničeného kostela. Ze soutěže vyšel vítězně návrh ing. arch. F. M. Černého, pod jehož vedením byla místo požadovaných věží instalována asymetrická 32 metrová moderní konstrukce z bílého betonu. Na pozlacené špice se spotřebovalo 1, 3 kg 24 karátového zlata. Optický klam způsobuje, že jižní věž, která je blíž k řece, se zdá být vyšší, ač tomu tak není.
Při rekonstrukci byly odkryty v kapitulní síni kláštera fragmenty nástěnných maleb a nápisů. Nápis psaný chorvatskou hlaholicí (pravděpodobně text staročeského Desatera přikázání z r. 1412) je první a zatím jediný doklad hlaholské epigrafie u nás i v západoslovanských zemích vůbec.
Klášterní zahrady v Emauzích
Klášterní zahrady v Emauzích se po desítkách let chátrání dočkaly obnovy. Jejich rekonstrukce začala roku 2018. Rozlehlá zahrada se nachází v jižní části areálu kláštera. Vznikla zároveň s klášterem kolem roku 1347 za vlády Karla IV. Svému účelu sloužila do nástupu komunismu. Pak v ní začaly chaoticky vznikat různé stavby a původní zahrada zcela zpustla. Po rekonstrukci, která stále pokračuje, budou zahrady sloužit k relaxaci všem Pražanům. Zahrada patří stejně jako klášter Emauzskému opatství.
V jižní části zahrady mezi ulicemi Pod Slovany, Trojickou a Vyšehradskou, jsou drobné dřevěné stavby, které by měly najít využití jako zázemí pro návštěvníky, otevřít by tu měla například kavárna. Vzniknou zde zeleninové, květinové a bylinkové záhony, ovocný sad i vinice. Nebude chybět ani dětské hřiště a dostatek laviček.