Muzeum je od jara 2026 z důvodu rekonstrukce uzavřeno, přesný termín otevření nebyl stanoven. Odhad rekonstrukce je 1 až 2 roky.
Stálá expozice Diecézního muzea prezentuje výběr nejvýznamnějších kulturních památek ze sbírek historického Diecézního muzea založeného v Litoměřicích již roku 1885, doplněný dalšími příklady jedinečného umělecko-historického dědictví z území litoměřické diecéze.
Nejstaršími vystavenými uměleckými díly jsou kamenné románské sochy evangelistů a kamenná hlava se zbytky polychromie z kostela sv. Petra a Pavla v Žitenicích přibližně z let 1180‒1190. Výjimečným dílem je nizozemská práce, deska Madona v Uzavřené zahradě z roku 1494 od Mistra Tiburtinské Sibylly, jejíž námět se váže k starozákonní biblické Písni Písní krále Šalamouna.
Bezkonkurenčně nejznámějším a nejvýznamnějším dílem litoměřické kolekce je však deskový obraz Svatý Antonín poustevník přemáhající ďábelské představy z let 1520‒1525 od Lucase Cranacha staršího, předního malíře německé renesance. Oboustranná dřevěná deska nese na zadní straně dílenské zpracování námětu Krista vstávajícího z hrobu. Barokní umění zastupuje obraz Svatý Matouš s andělem od významného českého malíře Karla Škréty, dále jsou ve stálé expozici vystavena díla Antona Kerna, Václava Vavřince Reinera a Matyáše Bernarda Brauna. Ve vitrínách jsou rovněž prezentovány výjimečné ukázky uměleckého řemesla – kalichy, ciboria, monstrance, ale i biskupská mitra a pontifikální rukavice.
Severočeská galerie výtvarného umění v Litoměřicích připravila projekt nové stálé expozice Diecézního muzea v Litoměřicích nazvaný Poklady litoměřické diecéze, který počítá nejen s celkovou revitalizací a reinstalací expozice, ale také s technickou obnovou objektu i návštěvnického a provozního zázemí. Součástí nové stálé expozice, která představí sbírky Diecézního muzea v moderní prezentační formě, zároveň však s respektem a úctou k jejich mimořádné kulturní a umělecko-historické hodnotě, budou atraktivní prvky ve formě videoprojekcí, interního informačního systému či mobilní návštěvnické aplikace. K podpoře realizace projektu hledá Severočeská galerie výtvarného umění v Litoměřicích s partnery, Městem Litoměřice a Biskupstvím litoměřickým, potřebné finanční prostředky.