Autorem
přestavby kostela, stejně jako
zámku, byl pravděpodobně Jakub Prandtauer, snad se konzultačně podílel na podobě chrámové stavby vídeňský architekt Johann Lucas von Hildebrandt. S přestavbou kostela se započalo v roce 1716 a
dokončena byla až
v roce 1782.
Klenba v kupoli lodi nese
fresku, oslavující sv. Markétu, namalovanou roku 1734 Karlem Františkem Tepperem. Baroknímu
hlavnímu oltáři dominuje obraz Neposkvrněného početí s třinácti výjevy ze Starého a Nového zákona Před dolní částí obrazu stojí socha patronky chrámu, která vystupuje z těla draka. Autorem sochy byl roku 1733 sochař Caspar.
Chrám byl v polovině minulého století v
havarijním stavu a
byl zachráněn díky děkanu P. Václavu Küchlerovi a s pomocí místních farníků. Vrata kostela byla ozdobena reliéfy místního učitele Josefa Kapinuse.
Prohlídka barokního interiéru chrámu sv. Markéty je možná
v rámci prohlídkové trasy C na zámku.