Autorem
přestavby kostela, stejně jako
zámku, byl pravděpodobně
Jakub Prandtauer, snad se konzultačně podílel na podobě chrámové stavby vídeňský architekt Johann Lucas von Hildebrandt. S přestavbou kostela se započalo v roce 1716 a
dokončena byla až
v roce 1782.
Klenba v kupoli lodi nese
fresku, oslavující sv. Markétu, namalovanou roku 1734 Karlem Františkem Tepperem. Baroknímu
hlavnímu oltáři dominuje obraz Neposkvrněného početí s třinácti výjevy ze Starého a Nového zákona Před dolní částí obrazu stojí socha patronky chrámu, která vystupuje z těla draka. Autorem sochy byl roku 1733 sochař Caspar.
Chrám byl v polovině minulého století v
havarijním stavu a
byl zachráněn díky děkanu P. Václavu Küchlerovi a s pomocí místních farníků. Vrata kostela byla ozdobena reliéfy místního učitele Josefa Kapinuse. Naposledy byl chrám restaurován v roce 2022 – obnovou prošla mimo jiní unikátní historicky velmi cenná nástropní freska o rozloze cca 450 m
2. Součástí restaurátorských prací v interiéru památky byly úpravy ploch stěn včetně vysprávek a nových doplňků omítek v lodi i v presbytáři. Restaurátorské práce v exteriéru památky zahrnovaly restaurování kamenných architektonických prvků kostela (kamenná vstupní ostění a voluty věží). Díky rozsáhlé rekonstrukci se podařilo zpřístupnit jižní věž kostela jako
vyhlídkovou věž, s nevšedním pohledem do celé zámecké barokní zahrady.
Pravidelné bohoslužby v Jaroměřících n. R.
Během konání mše svaté, pohřbu atd. není možné konat prohlídky kostela. Pravidelné se konají: neděle v 9:30 hod. (po mši svaté přátelské posezení do 12 hodin) a v 19 hod., v zimním období v 18 hod, úterý, čtvrtek, pátek v 19 hod., v zimním období v 18 hod. na faře, středa v 7:30 hod. (v zimním období na faře).
Prohlídkové trasy v kostele sv. Markéty – Jaroměřice nad Rokytnou
Návštěvníci a návštěvnice si mohou vybrat ze dvou prohlídkových tras chrámu:
Trasa A (historie, loď kostela, stará sakristie, hraběcí oratoř, depozitář, zpěvácké kruchty, kůr, 3D model kopule)
Trasa B (historie, loď kostela, komunitní centrum, terasa)
Dále mohou turisté navštívit vyhlídkovou věž.