Vzniku komplexu budov, který je již od středověku nazýván Starou rychtou, předcházelo založení Havelského města Václavem I. v roce 1232.
Do tohoto komplexu patří nárožní věžová budova (románské zbytky zdiva z počátku 13. století jsou zachované ve výši sklepení a prvého patra), hlavní budova, která sloužila jako správní budova staroměstských občanů, od roku 1257 doložené sídlo rychtáře a koncem 13. století postavený zadní trakt, který tvořil tzv. Havelskou bránu, a byl zároveň součástí staroměstského opevnění.
Od 14. století bylo sklepení využíváno i jako šatlava. Od 16. století zde sídlil soud, dále krámy, lékárna, vinný šenk a sklady. V roce 1588, z iniciativy tehdejšího primátora, odstartovala a úspěšně proběhla renesanční úprava objektu. Z té doby pochází zachovaný hodnotný portál s iónskými polosloupy, a taktéž zbytky arkád v nádvoří.
Po Bílé hoře připadl dům jako konfiskát městu, to jej pronajímalo např. divadelním společnostem.
V roce 1798 byla budova klasicistně přestavěna Ignácem Janem Palliardim na obytný dům.
Od této přestavby zůstala podoba domu téměř nezměněna.
V roce 1880 proběhla adaptace domu pro potřeby nově vzniklé instituce Městského fyzikátu – šlo o vůbec historicky první instituci zaměřenou na městský hygienický dozor, preventivní opatření proti epidemiím a zajištění zdravotních služeb.
Kromě zdravotnických služeb pro nemajetné obyvatele, organizace převozu infekčně nemocných, dozoru nad pohřbíváním, dozoru nad školní hygienou, dezinfekční stanice, ústavu ke zkoušení potravin, lékárny a později i ordinací pohotovostní služby, zde sídlily i různé spolky pod ochranou města. Od r. 1913 zde sídlil A. B. Svojsíkem založený skautský spolek Junák, zde vycházel časopis a byla tu i prodejna výstroje.
Během 20. století a zejména po druhé světové válce se agenda úřadu rozšiřovala, posléze byly vyčleněny samostatné odbory pro řízení a organizaci zdravotní služby, odbor lékařský, veterinární, zdravotně-technický, právní, odbor preventivního a sociálního lékařství pod nově zřízeným Ústavem národního zdraví.
V roce 1952 byla v budově „Staré rychty“ zřízena Hygienicko-epidemiologická stanice hl. m. Prahy, následujících 50 let do roku 2003 na Staré rychtě fungovala ordinace očkování do zahraničí, první a dlouho jediná svého druhu.