Nejvyšší vrchol tvoří
dominanta hory Kletě s nadmořskou výškou
1083 m. Významným, avšak hraničním tokem je
řeka Vltava, která odvodňuje téměř celé území CHKO. Středem oblasti protéká Křemžský potok. Na jihu patří k významným tokům
Polečnice a Chvalšinský potok. V geologickém podloží převládá granulit, jižní část pak tvoří převážně krystalické vápence spolu s erlány a amfibolity.
Středem oblasti se táhne nepravidelné pásmo serpentinitů. Více než polovina území CHKO je pokryta lesními porosty, z nichž nejvýznamnější jsou smíšené podhorské lesy s převahou buku. Nalezneme je na severovýchodních svazích Kletě a ve skupině vrchů
Bulový a Vysoká Běta.
Zcela specifická je květena křemežských hadců, tvořená zčásti reliktními bory. Pozoruhodná a velmi významná je teplomilná a vápnomilná květena v okolí
Českého Krumlova.
Nejvýznamnější části přírody v CHKO jsou zahrnuty do maloplošných chráněných území. Kromě přírodních krás je zde i mnoho historických památek. K významným patří
cisterciácký klášter ve Zlaté Koruně a zřícenina rožmberského hradu
Dívčí Kámen. Blanský les je pro svou krásnou a zachovalou přírodu i cenným rekreačním zázemím. Součástí je i
UNESCO chráněná vesnická památková rezervace Holašovice.
Oblastí vede
několik naučných stezek, například z obce Srnín vede na vrch Granátník, kde je
rozhledna. Uvidíte například mokřady s orchidejemi a dozvíte se také něco o předválečném opevnění hranic na Českokrumlovsku. Od budovy Správy CHKO Blanský les ve Vyšném vede
Naučná stezka NPR Vyšenské kopce.