Kostel Sv. Mikuláše je postaven v přirozeném centru Malé Strany. Na tomto místě stával raně gotický kostel z počátku 13. století, zasvěcený rovněž sv. Mikuláši z Myry. V sousedství bývalo již v románském období tržiště s románskou rotundou Sv. Václava.
Barokní výstavba celého jezuitského areálu vč. farní budovy a školy trvala od r. 1673 do r. 1752. Stavbu zahájil stavitel P. Bos, jehož krátce nato vystřídal Giovanni Domenico Orsi. Rozhodující fáze stavby začala až po r. 1702 podle nové varianty, jejíž autorství je připisováno Kryštofu Dienzehoferovi. Po jeho smrti stavbu dokončil jeho syn Kilián Ignác Dienzehofer, který navrhl unikátní řešení klenby a mohutnou kupoli. V roce 1752 byla hotova také věž se zvonicí, kterou upravoval Anselmo Lurago.
Přístupná je kromě kostela také samotná zvonice s vyhlídkou na Malou Stranu a stálou expozicí Pražské zvony, která představuje nejvýznamnější pražské věže a jejich zvony, obecnou historii a vývoj zvonů, jejich výrobu a výzdobu a legendy se zvony spojené.
Stavba kostela Sv. Mikuláše významně přispěla k vývoji vrcholné barokní architektury. Její stavitelé využili všech charakteristických prvků tohoto slohu k posílení monumentality a dojmu dramatičnosti, expresivity a plastičnosti. Tento vnější dojem je pak zdůrazněn uvnitř za pomoci iluzivních fresek a rafinované hry světla a stínu.
Kostel spravuje společnost Psaltérium, která zde organizuje tradiční koncerty chrámové hudby, benefiční koncerty, kulturní a incentivní akce a prohlídky kostela.