Ve vyhnanství se nadále věnoval své teologické, kartografické, filozofické a pedagogické práci, směřující k „nápravě světa“. Za jedinou možnou cestou k tomu považoval celoživotní vzdělání a správnou výchovu mládeže. Průkopník moderní pedagogiky a duchovní zakladatel hnutí svobodných zednářů zemřel roku 1670 v Amsterdamu, jeho hrob však objevili čeští vlastenci teprve 200 let poté v jiném holandském městě – Naarden.