Vlivem eroze, přirozeného zvětrávání a také šikovných lidí ničících a rozebírajících panské sídlo, se nám do dnešních časů dochovalo velmi málo.
Hrad byl založen krátce po polovině 13. století šlechtici z rodu Markwarticů, jako středisko velkého panství obsahující asi 1/3 dnešního Turnova, vesnice a rozsáhlé území od Turnova až po dnešní Chuchelnu (zápis z roku 1318). Byla to stavba z části zděná, z části hrázděná. V roce 1318 při sporu Voka II. s více jak 150 okolními šlechtici byl hrad vypálen a postupně znovu obnoven. Rod Rotštejnů vymřel v první polovině roku 1415. 7. července 1415 prodala vdova po posledním majiteli paní Žofka celou část rotštejnského panství na Turnovsku Vaňkovi Paldrovi z Vařin a rod Rotštejnů definitivně zmizel z dějin. V majetku katolické rodiny z Vařin zůstal hrad po celé husitské války. Prvně je v pramenech uváděn co „zámek pustý se zborcenými zdmi a skalami do nádvoří“ lp.1514. Pravděpodobnou příčinou zkázy hradu bylo přirozené zvětrávání pískovcových skal a následný pokles terénu.
Již v roce 1602 si lidé prchající z měst nově odryté dutiny při patě skal začaly přizpůsobovat a používali je jako chalupy sklady a chlévy až do poloviny dvacátých let 20. století. Výzkum těchto částí stále probíhá.
Hrad je v majetku obcí Mírová pod Kozákovem a Klokočí, které se ve spolupráci s volným trampským, dnes občanským sdružením Ochrana Klokočských skal postaraly o záchranu a konzervaci památky v letech 1988 –2003.
Od roku 2004 je hrad přístupný veřejnosti, ovšem pouze v omezeném návštěvnickém režimu, s ohledem na přírodní rezervaci a unikátně dochované prostředí kulturní památky.
Od roku 2006 je na Rotštejně možno navštívit zajímavé enviromentální akce – bylinková setkávání, Dny svaté Markéty, výstavy dětských kreseb, výtvarné dílny či kulturní představení.