V přízemních ambitech a v kapitulní síni jsou instalována historická výtvarná díla, představující historické a svaté osoby a některé děje ze života svatých a dějin spásy člověka. Naprostý vrchol prohlídky muzea představuje „klenotnice“ (v prostoru bývalé nemocnice s renesanční kaplí) s cennými liturgickými předměty a rouchy.
Expozice je rozdělena do následujícíh okruhů:
- Panna Maria, historie jejího zobrazování s ohledem na etapy jejího života
- Apoštolové, jako učedníci Krista, svědci jeho života, šiřitelé víry a mučedníci za ní
- Světci jako svědkové víry, vztah lidí k nim, patroni člověka a přímluvci u Boha (skupiny Čeští patronové, církevní otcové, čtrnáct pomocníků …atd.)
- Život Kristův a jeho zobrazení ve výtvarných dílech
K vidění je více než 100 děl, z nichž mnohé patří k unikátům – např. Madona z Poleně od Lucase Cranacha st. nebo gotický reliéf pocházející z kostela v Malesicích z roku 1510 - sv. Jiří zabíjející draka.
Součástí prohlídky jsou i původní historické nástěnné malby, zvláště cenný životopisný cyklus sv. Barbory v kapitulní síni a nejstarší vyobrazení Plzně. V patře jsou zastoupeny předměty, sloužící kultu s vysvětlením jejich významů pro křesťanský život, reálie každodenního křesťanského života a období liturgického roku. Letní refektář slouží pro příležitostné výstavy.