Uvnitř bývalé Schwarzenberské stodoly chová většinu druhů těchto obávaných predátorů, včetně těch nejohroženějších. Druhově patří tato speciální zoo k nejrozmanitějším v Evropě. Protivínská zoo má zatím 11 terárií, další hodlá její majitel vybudovat. Najdete zde také zoologické muzeum. Česko je čtvrtou evropskou zemí, kde otevřeli speciální krokodýlí zoo. Další jsou v Dánsku, Francii a Německu. Jde o největší chovanou skupinu gaviálů sundských mimo Asii. V Evropě zatím existují tři takové stanice.
Mimo obvyklou výstavní a chovatelskou činnost, je možné využít v Krokodýlí zoo Protivín i vzdělávací programy, které je možné modifikovat dle přání klientů. Programy se nazývají:
- Krokodýli a obnovitelné zdroje energie
Prohlídka zoo, přednáška o obnovitelných zdrojích energie, demonstrace tepelných čerpadel.
- Krokodýli a ekologické zemědělství
Prohlídka zoo a exkurze na certifikovanou ekologickou farmu s výkladem.
- Krokodýli a malá vodní elektrárna
Prohlídka zoo a exkurze na malou vodní elektrárnu s výkladem.
Budování zoo probíhá v přísně ekologickém stylu. Není jediným účelem chovat, rozmnožovat a vystavovat krokodýly, ale zároveň i využívat, a tím i propagovat ekologické technologie. Proto jako první byla v zoo postavena energetická jednotka ze tří tepelných čerpadel, mající dohromady tepelný výkon téměř 100 kW. Tato hodnota odpovídá tepelnému odporu budovy, takže při plánované výstavbě terárií i v patře budovy dostatečně zásobuje teplem téměř 2000 m² podlahové plochy ubikací pro krokodýly. Tepelná čerpadla odebírají teplo z osmi 120 m hlubokých vrtů, které byly vyvrtány na pozemku zoo.
Součástí činnosti zoologické zahrady je i vzdělávací, studijní a vědecká činnost. Tyto funkce v krokodýlí zoo jsou plněny především v zoologickém muzeu, které vzniklo současně se zoo, a také na základě sbírky provozovatele zoo.
Expozice zoologického muzea vznikla v někdejším špitálu na náměstí vedle kostela sv. Alžběty. Nadace Tomistoma vlastní celkem 1200 exemplářů, většina z nich pochází ze zoologických zahrad jako třeba kompletní kostry páru nosorožce bílého, což je největší druh nosorožce na světě. Lidé v muzeu uvidí celou řadu nej: od kostry největší žáby, přes lebku ptáka s největším rozpětím křídel a lebek slonů až po lebky hadů a ještěrů. Představuje se v něm největší sbírka koster nosorožců ve světě.