Hrad Pirkštejn založil Jindřich z Lipé v první polovině 14. století jako součást hradeb městečka Rataje nad Sázavou.
Pirkštejn byl postaven na skalnatém ostrohu, obtékaným Živým potokem. Hlavním objektem hradu se stal patrový gotický palác se zaoblenými nárožími a zdmi až 2 metry silnými. Roku 1346 postoupil Čeněk z Lipé hrad spřízněnému rodu, Ješkovi Ptáčkovi z Pirkenštejna. Slavným příslušníkem rodu byl Hynce Ptáček z Pirkenštejna, čelný představitel panské jednoty na sklonku husitských válek, účastník bitvy u Lipan a vůdce císařských vojsk obléhajících hrad Sion Jana Roháče z Dubé. Po smrti krále Zikmuda v témž roce patřil k nejvýznamnějším českým politikům. Zemřel na Pirkštejně a byl pohřben v ratajském kostele. Roku 1447 Pirkštejn vyhořel, ale byl opraven. Dcera Hynka Ptáčka Žofie se poté provdala za Viktorina, syna českého krále Jiřího z Poděbrad. Viktorin prodal Rataje s Pirkenštejnem Bohuslavovi ze Švamberka a majitelé se pak rychle střídali, ale hrad sloužil i nadále jako hlavní rezidenční objekt. Situace se změnila v 16. století, kdy nový majitel Ladislav Malešický z Černožic nechal renesančně přestavět druhý ratajský hrad a přenesl sem centrum panství. Za selského povstání roku 1627 byl hrad těžce poškozen.
Poslední razantní zásah do jeho podoby udělal roku 1712 Václav Oktavián Kinský, který hrad přestavěl na faru. Hradní věž byla změněna na zvonici, část hradního přikopu byla zasypána a původní zvedací most nahrazen kamennou barokní stavbou. Podobu ze začátku 18. století si hrad zachoval dodnes a také jeho majitel se již nezměnil – objekt patří církvi a není veřejnosti volně přístupný.
Pirkštejn je hrad v Ratajích nad Sázavou si pronajal Ondřej Kobza od Katolické církve a často jej propůjčuje na bohulibé veřejné aktivity.